Trở nên hoàn hảo là ước mơ muôn đời của con người từ ngày xưa đến nay. Chuyện tưởng chừng như khoa học không làm được đã xảy ra, nhưng con người lai gien với sức khỏe tốt hơn, thông minh hơn những con người bình thường đã ra đời và được gọi là "Coordinator". Điều này cũng là sự bắt đầu cho Cosmic Era. Mọi người đổ xô đi cấy gien, lai tạo gien để tạo ra những đứa con Coordinator cho mình mà không hề nghĩ đến một cuộc chiến tranh sẽ đến trong tương lai. Và cũng chẳng cần chờ lâu, ghen tị - cái bản chất vốn ăn sâu trong máu thịt con người đã nổi dậy. Những con người bình thường hay còn được gọi là "Natural" cho rằng sự hiện diện của các Coordinator là đi ngược lại với tự nhiên vì họ trở nên tốt hơn nhờ máy móc chứ không phải bẩm sinh và điều này là không công bằng khi các Coordinator luôn luôn làm tốt hơn Natural.

Các Natural theo chủ trường chống Coordinator đã xuống tay hạ sát hàng loạt Coordinator. Một số chính phủ dần dần đồng tình và Coordinator bị xua đuổi. Khi bị dồn vào đường cùng, bản năng sinh tồn trỗi dậy và họ đã rời Trái Đất và đi ra ngoài vũ trụ, tạo ra nhóm vệ tinh PLANT - nơi các Coordinator sinh sống mà không phải lo sợ bị Natural tấn công. Những tưởng đó đã là một cái kết, nhưng Natural không bỏ cuộc. Ngày 14 tháng 2 năm C.E 70, họ gửi bomb hạt nhân đến tấn công Junius Seven, một trong các vệ tinh của PLANT. Hậu quả là gần như toàn bộ cư dân Junius Seven chết, hành tinh bị hủy diệt, thảm kịch này còn được gọi là Bloody Valentine Day (ngày lễ tình nhân đẫm máu).

Sự việc nói trên đã châm ngòi cho những cuộc chiến nhỏ và các mâu thuẫn vốn có giữa PLANT và Trái Đất. Hai bên liên tục tấn công lẫn nhau, gây thương vong chết chóc vô số. Các hành tinh và các nước trung lập dần dần hình thành. Ở nơi đó, không có sự phân biệt Natural hay Coordinator, những người ở đây có chung một ý nguyện là tránh xa cuộc chiến.

Cậu thanh niên 16 tuổi Kira Yamato cũng là một trong số đó. Cậu sống ở Heliopolis, một vệ tinh nhỏ gần Trái Đất. Vài năm trước, người bạn thân nhất của Kira là Athrun Zala đã về PLANT khi cuộc chiến giữa Trái Đất và PLANT trở nên căng thẳng. Thời gian trôi đi, mọi chuyện chỉ còn là ký ức. Vào vài năm sau khi Athrun đi, Kira vẫn ở lại Heliopolis và cậu cũng đã có được những người bạn ở đây. Nhưng không may khi chính quyền nơi này lại giúp Trái Đất chuyển vũ khí mới "Gundam" và con tàu "Archangel". ZAFT - lực lượng quân đội của PLANT đã sớm biết chuyện này và gửi một nhóm qua đánh cướp những vũ khí mới này. Hai bên có một số trận đánh nhỏ và Kira vô tình bị dính vào đó. Cậu gặp lại Athrun - người bạn cũ giờ đây đã trở thành một thành viên của ZAFT. Tiếc thay, giờ Kira lại phải về phe Trái Đất để bảo vệ những người bạn khác của mình. Thế là hai người bạn thân từ thuở nào nay lại là kẻ thủ địch. Đây cũng là bắt đầu cho những nỗi đau.